什麼是「身」清淨？可分為內和外之說：行一切善是屬於外的；相應於法、報、應三身的秘密身印，是屬於內的。內外清淨，才是「身」的完全清淨。簡單的說：禪定打手印，使身莊嚴，去印證身的秘密。
何謂「意」的清淨？觀多化為一，再將一化為零，化為無，入於無二無別的虛空，融入虛空，入於定，即是「意」的清淨。
行者修唸佛、唸經、持咒、大禮拜、四加行......等等事法之儀軌，為的是在做入三摩地的基礎，藉著這樣儀軌的修練，進入定的境界，而能得到最終目的「身、口、意」的清淨。
有些人仍然對「身、口、意」的意義，一知半解，便發願的說：我以「身、口、意」供養。
又有些人說：要與根本上師的「身、口、意」合一，談何容易，根本不可能。根本上師的身材容貌，我們怎麼修也不會變成和他長的一樣，根本上師所說的每一句話，讓我們跟著唸，也不可能一字不漏的唸出，怎麼合一呢？何況是意念合一，更難！根本上師所想所意念的，相比俗世的我們，根本是一清一濁，相距太遠了！
其實，與根本上師的「身、口、意」合一，不是合一於有形之身，而是合一於根本上師的成就，合一於根本傳承成就的法身、報身、應身，如此，即是真正的和根本上師合一。
融入宇宙圓滿清淨的身 ── 身的清淨。
融入宇宙圓滿清淨的聲音 ── 口的清淨。
融入宇宙圓滿清淨的意識 ── 意的清淨。
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