「本尊」有助密教行者的修法成就
佛教的基本教義中，第一階段便是要修習佛法者先行皈依佛門的「三寶」，「三寶」是指佛、法、僧，佛是圓滿的覺者，法是宇宙之間的大法 (佛陀所說的正法)，僧是指修持佛法的如來聖者 (出家眾)。
蓮生活佛說：「佛本身來講是點燃世界的明燈，所以是寶；法是因為佛陀本身傳下來的法燈，也是光明，也是寶；延續這些法燈的這些人也是一寶，所以稱為三寶。」
時刻憶持「三根本」
密教在修持佛法上，除了尊崇三寶以外，還要時刻憶持「三根本」。「三根本」即是：「上師」是加持根本、「本尊」是成就根本、「護法」是事業根本。密宗行者，從皈依根本上師開始，先修四加行法奠定修行的基礎，再與根本上師相應，得「傳承加持力」，再修根本本尊，修三密行，到與本尊相應，成就本尊，這便是依行因，證果德。
蓮生活佛指出，現今的密教弟子，很多都會請自己的根本上師來決定根本的本尊，根本上師要推算弟子的因緣，與某尊的因緣是否契合，如果是合，那就是本尊無誤。蓮生活佛替弟子選擇本尊，有一秘密，便是依循弟子的「天性」去推算和選擇他們的本尊。
八大本尊修持法 是法住法位
真佛宗有八大本尊，八大本尊的修持法，正是「是法住法位」。阿彌陀佛用「一心」，觀世音菩薩用「懷」，地藏王菩薩用「度」，準提佛母用「清淨」，黃財神用「佈施」，蓮華生大士用「樂」，蓮花童子用「真」，藥師琉璃光王佛用「藥」。」
本尊的選擇 依行者心性而定
本尊的選擇，完全依行者自己的「特性」而定，也可以說，依行者自己的「心性」而定。或者是行者發下的「誓願」而定，重要的是行者覺得最投緣，最有緣份的！這就是汝的本尊。每一位行者，其實可以自己選擇本尊來修法，也是依「特性」、「心性」、「誓願」、「投緣」來選擇本尊。
結語
蓮生活佛認為：「當一個行者看到那位主尊，心中產生非常歡喜，就可以選擇祂作為自己的本尊。」 「修持『真佛密法』是各自契入自己的本源，『本源』就是自己的『本尊』，自己的有緣來處。
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