藥師佛與真佛宗的淵源
師尊文集 209 冊 《魔眼》中記載：「我見到了十六世大寶法王噶瑪巴。我對大寶法王說：「未來我弘法，將以法王為頂飾，...... 大寶法王還對我說：「我很喜歡藥師佛的心咒，我已指示各地噶舉派的寺院，長期念藥師佛心咒，以消弭末法時代眾生的病苦。」於是我答應大寶法王，把真佛宗八大本尊中，列入藥師如來。」
認識藥師佛
- 藥師佛的形相同阿彌陀佛一般，也是具三十二相，藥師佛全名為藥師琉璃光如來，淨土名琉璃光土，亦稱懸勝幡。
- 與東方阿閦佛同體異名，代表清淨無染。
- 主要眷屬：日光菩薩、月光菩薩、文殊、觀音、大勢至、寶檀華、無盡意、藥王、藥上、彌勒。
- 藥師佛十二大願：包括光明普照、消除病苦、資具充足、男女平等、解脫邪見等。
- 藥師佛另稱七佛藥師，其餘六佛皆為化身。
- 能解人類九大苦難，如病劫、水火災、惡鬼惡獸、飢渴等。
- 十二藥叉神將誓願守護修藥師法者。
藥師佛的眷屬
脇侍是日光、月光二菩薩
在藥師佛的無量菩薩眷屬裡，月光菩薩與日光菩薩是位居上首的重要菩薩。在久遠的過去世，電光如來行化世間。當時有一位梵士，養育二子。發菩提心，誓願拯救病苦眾生。當時的電光如來對之甚為讚嘆，勸梵士改名號為醫王，二子改名為日照、月照。這位受電光如來咐囑的梵士，成佛之後就是藥師佛。二位子嗣也就是兩大脇侍：日光菩薩、月光菩薩。
十二藥叉大將：
毘羯羅、招杜羅、真達羅、摩虎羅、波夷羅、因達羅、珊底羅、安儞羅、安底羅、迷企羅、伐折羅、宮毗羅。因為是晝夜十二時之護法神，其頭上戴十二支冠為標幟。
十二藥叉天女 (見於安樂寺)
藥師琉璃光王處，有十二藥叉天女唯有蓮生活佛可見：
第一藥叉天女 — 戴金冠，身金色，容顏甚美，執淨瓶，像觀音。
第二藥叉天女 — 梳二髻，身青色，有傾國之貌，執經典，若吉祥天。
第三藥叉天女 — 戴佛冠，身淡紅，很端莊，執仙果，如歡喜母。
第四藥叉天女 — 戴花冠，身銀色，極端麗，執經典，如功德天。
第五藥叉天女 — 戴星冠，身淡青，音婉轉，執經典，如光音天。
第六藥叉天女 — 戴花冠，身淡黃，能歌舞，執樂器，如辯才天。
第七藥叉天女 — 戴佛冠，身淡金，相圓滿，執藥器，如水天。
第八藥叉天女 — 梳三髻，身淡金，唇如花，執法琴，如寶藏天。
第九藥叉天女 — 梳一髻，身藍色，顏純真，執經典，如童子天。
第十藥叉天女 — 戴佛冠，身白色，顏清秀，執經典，如伎藝天。
第十一藥叉天女 — 戴佛冠，身紅色，甚艷麗，執樂器，如妙音天。
第十二藥叉天女 — 梳二髻，身黃色，甚端麗，執仙果，如月天。
藥師佛法相
全名作藥師琉璃光佛或藥師琉璃光如來,為佛教東方淨琉璃世界之教主。藏傳佛教一般流傳的形象為藥師佛全身藍色相好莊嚴,左手持缽盛滿甘露,右手持訶梨勒果 (訶子藥)。
藥師佛本尊口訣 淨琉璃光
1、通「氣脈」。
2、先修「自身淨琉璃光熾盛」。再修全世界人類的「淨琉璃光熾盛」
3、觀音 (慈悲)、勢至 (名望)、文殊師利 (智慧)、寶檀華 (寶 = 佛法，以煩惱作為材料，燃燒出光明)、無盡意 (慈悲沒有極限)、藥王 (以藥布施，救人)、藥上 (以藥布施，救人)、彌勒 (了解眾生的心念)。
4、以藍色的淨琉璃光，去照病苦的眾生，使病苦的眾生，百病消除，身心自在。
5、行者自身的「淨琉璃光」，要從「內火」中去修得。
6、蓮生活佛再認為，要達到利益一切有情，救度眾生，可修「七佛藥師五壇修法」。**(師佛善未傳)
7、修「護摩法」此即外火。
8、真正藥師佛本尊的口訣是：「內火」。「外火」。「淨琉璃光」
9、「看病福田」
10、應用藥師法的「護摩」，及「光照法」，或淨琉璃光照紅綠線，去醫治病人的疾厄。
咒語：爹雅他。嗡。別卡子也。別卡子也。媽哈別卡子也。拉炸。三摩迦德黑。梭哈
手印：藥師佛法界定印：左手在下，右手在上，二大指頭相觸。如彌陀定印。須觀想掌上有缽，缽內盛十二大願的妙藥。(置臍下)藥師佛五色光手印 (置胸前)
正行
1、先觀空，唸觀空咒：(三遍)
2、觀想虛空中有藍色的月輪，月輪中有青藍色種子字“吽”字或“别”字，放大藍色光。
3、月輪中“吽”字或“别”字旋轉，化為一尊藥師佛，藥師佛的形如同阿彌陀佛，也是具三十二相，但其身子是藍色，雙手結定印，持一缽，缽內盛滿治病的甘露，坐蓮台。
觀想藥師佛的心際放藍色大光，此藍色大光照灌行者，從行者頂竅而入，行者自身變成全身琉璃色透明，一切業障宿業及疾病，完全消除。
《特別觀修》
A、若欲治他人病，可觀想藥師佛手中的缽放光，上昇下降。照在行者事先準備給病人服用的藥品、淨水或食物上。或者是病人的衣服。也就是藍色光上昇下降，照病患的食物或衣服，食物或衣服可置行者之前，法壇之前。
B、藏密修治病法，有用紅綠二線成圈，使藥師佛藍光照之，而後將紅綠線綁病人之手，由病人佩之，如此病能痊癒。
**藥師琉璃光王佛的治病要訣，正是放藍白光，去觸一切病患的衣服及食物，這是幫助病患的祕中祕。
4、觀想藥師佛心際藍光放大，而行者心際也放藍光，二光在空中遇合，二光合一，頓時，行者也變身為藥師佛，空中的藥師佛，與行者的藥師佛，無二無別，皆成本尊。
5、再觀想藥師佛及其他諸尊眷屬皆從空中放五色大光明，照一切眾生，令一切眾生百病消除，身心自在，皆有佛緣來修法。而自己變身為藥師佛，利益一切有情，救度眾生。
6、持「藥師佛心咒」108 遍
7、入三摩地
8、出定
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